一、引言
从预算管理的角度来说，事业单位的专项资金是指财政部门或上级单位拨给事业单位为完成特定工作任务或实现某一事业发展目标而安排的具有专门用途的并需要单独报账结算的资金，其使用效果明显，影响范围也较广。其中包括挖潜改造资金、科研课题经费、特大防汛抗旱经费等等。事业单位的专项资金大多直接来自财政拨付，体现了“集中财力办大事”的思想。
二、事业单位专项资金管理中存在的问题及其原因
1. 专项资金分配不科学、缺乏整体规划。这主要是由于在专项资金的分配上，没有一个科学的、合理的标准，导致一些事业单位、一些非重点项目的专项资金大量结余，形成资金沉淀，而另一些事业单位、一些重点项目的专项资金又供给不足。
2. 分配的随意性容易导致项目的重复建设、资金投向分散等问题。这主要是因为在专项资金的分配上，没有按照项目的实际需求和重要性进行分配，而是按照项目的申请顺序或者项目负责人的关系进行分配。
三、事业单位专项资金自查内容及情况
1. 对专项资金我公司认真执行财经法规及各项科技资金管理制度，针对我公司的财务制度及流程制定了符合我公司实际情况的研究开发经费管理办法及内部控制制度。
2. 按照财经法规和公司的“研究开发经费管理办法”和内部控制相应制度对研发经费的使用进行了专项的会计核算，专项资金单独核算，设置了研发支出科目，核算内容确保了其真实、准确和完整性。
四、结论
通过事业单位专项资金自查，我们可以发现存在的问题并采取相应的措施进行改进，以提高专项资金的使用效益，进一步促进我国经济的快速发展。同时，我们也应该建立起一个科学、合理、规范的专项资金管理制度，保证专项资金的合理使用，提高资金的使用效率，确保专项资金的规范管理。